일본 뇌염 예방접종에는 사백신과 생백신 이렇게 두 가지 방법이 있다.

사백신이란 죽은 균의 일부를 이용하여 만든 항원을 몸 속에 주입함으로써 그 균에 대해 항체를 만들어 내는 것을 뜻한다. 아무래도 항체가 생기는 정도가 약하기 때문에 접종 횟수가 늘어난다.

생백신이란 살아있는 균을 배양한 후 그 균이 가지고 있는 독소를 약화시켜 접종하는 것으로써 흔히 약독화 생백신이라고 한다. 생백신 접종 시 다른 생백신을 접종할 경우 최소 한달 이상 간격을 두는 것이 좋은데 이것은 한달 이내 다시 생백신을 접종할 경우 항체 생성 정도가 떨어지기 때문이다.

일본 뇌염의 경우 사백신으로 접종하면 기초접종은 생후 12-24개월 사이에 1-2주 간격으로 2회 접종하고 12개월 후 다시 1회 접종한다. 추가 접종은 만 6살과 만 12살에 각각 한번씩 접종하여 총 5회를 접종하게 된다.

생백신의 경우 생후 12-24개월 사이에 1회 접종, 12개월 후에 1회 접종, 만 6살에 추가접종 1회를 하여 총 3회만 접종하면 된다.

1회 접종비용은 사백신에 비해 생백신이 더 비싸지만 아이가 주사 맞는 것에 대해 공포가 심한 경우 상대적으로 횟수가 적은 생백신을 접종하는 것이 나을 수도 있다. 두 백신 모두 횟수와 시기를 잘 맞춰서 접종할 경우 효과는 크게 차이가 없다.

예방접종 후 나타날 수 있는 이상반응은 다음과 같다.
생백신에서는 ▲ 국소 작용으로는 종창, 발적, 통증 등이며 ▲ 전신적으로는 구토, 발진(보이거나 만지는 것에 의해 알 수 있는 피부병변), 열, 보챔 등의 증상이 있다.

사백신의 경우 ▲ 국소적으로는 종창(조직이 커지거나 늘어남으로써 부어오르는 것), 발적(빨갛게 부어오름), 통증, 혈관이 붓는 증상 등이 나타나며 ▲ 전신적으로는 오한(몸에 열이 나면서 추위를 느끼는 것), 열, 두통, 피로함 등을 느끼며 드물게 중추 신경계(신체의 감각기관에서 받아들인 자극을 종합, 분석하는 신경기관) 부작용이 나타날 수 있다.